Является исполнительным органом и подотчетен Общему собранию. Генеральный директор назначается Общим собранием сроком на четыре года. Он осуществляет текущее руководство БАЕ, отвечает за стратегическое и оперативное руководство, участвует в подготовке и проведении Общих собраний, контролирует финансовую деятельность. Генеральный директор создает вспомогательные органы управления и руководит дирекцией, которая выполняет текущие дела и отвечает за координацию деятельности БАЕ. По решению учредителей дирекция находится в Российской государственной библиотеке.